在巩相晶离开后，屯所恢复了往日的平静，冲田总司找出她临走说的箱子，送给了近藤勇，虽说他不肯接受，但在冲田总司的强硬要求下，最后还是接受了。
冲田总司把医馆，但凡有点儿巩相晶气息的东西，全部带回了屯所，放在了自己的房间里，弄得其他人来到，稍微坐一会儿都觉得别扭。
屯所恢复了往日的平静，大家各司其职，各尽其守，关于巩相晶的话题，好像都被大家默契的屏蔽了，特别是在冲田总司的面前，大家都会十分的谨慎。
巩相晶离开后的第三天，丰臣医馆的馆长，丰臣拓真回来了，近藤勇两人还一起喝了酒，席间，近藤勇有意无意的说起了丰臣月姬，丰臣拓真给出的答案就是，她出去游历了。
若非知道，若非直接看到巩相晶的离开，近藤勇都要相信丰臣拓真的鬼话了，不过他也没说出自己的想法，因为近藤勇和新选组的其他人，至今还认为巩相晶就是丰臣月姬，游历只不过是巩相晶对自己的离开，留给其父亲“丰臣拓真”的借口罢了。
随着时间的推移，时局变得越来越不安稳，特别是德川幕府第十四代将军德川家茂去世后，德川庆喜上位，时局更是不平。
庆应三年（1867年）一月，伊东甲子郎像除冲田总司外的新选组各番队长藤堂平助、永仓新八几人发出初次邀请，而冲田总司于巡逻期间，开始咳嗽。
庆应三年（1867年）三月的某一天夜晚，雪村千鹤于半夜被失败队员“罗刹”所伤，此时暴露后，伊东甲子郎以此为理由，决定离开了新选组。
庆应三年三月二十日，伊东甲子郎离开了新选组，跟随伊东甲子郎离开的，还有想要明白这个国家到底缺什么的藤堂平助，以及被土方岁三派去做卧底的斋藤一。
庆应三年十月，新选组搬离了原来的屯所，来到了本来为西本愿寺和尚建造的房子不动堂村，原因是因为千鹤的鬼什么发现，风间几人与新选组打了一架，太过于吵闹，被本愿寺的人给嫌弃了，不过事实如何就不清楚了。
庆应三年十月，在大政奉还之后，幕府和朝廷共同进入了新时代，在那之后的一个月，历史上的重要人物坂本龙马遭遇暗杀，新选组也无可奈何的被吞没于时代的巨浪之中。
坂本龙马去世后不久，斋藤一回归新选组，同时带来了伊东甲子郎一派，企图暗杀新选组局长近藤勇的消息，新选组知道此时，打算将计就计，反处理掉伊东甲子郎。
然而，此次行动中，冲田总司由于病情的加重，被强制性阻止参加，即使他说出了“土方先生，我会恨你的哟”这样的话，依旧没有人同意他参加。
在行动展开的那一夜，冲田总司的房间出现了一个人，雪村千鹤的双胞胎哥哥南云熏，他将雪村纲道改良过的“变若水”，送到了冲田总司面前，告诉他如果成为“罗刹”，也许他的病就可能得到治疗。
紧盯着面前的“变若水”，冲田总司虽然很心动，但他并没有喝下，当然也没有丢，他最后还是就下来了。
于咳嗽中吃了一颗巩相晶留下的药丸，冲田总司握紧拳头，默默的看着刀架上的刃，他有多久没用过它了。
“月姬，我现在还能保护新选组，还能保护你吗？我连刀都快拿不动了啊！怎么办.....”
新选组的反暗杀行动很成功，但原本离开了新选组的藤堂平助，最后在于原田左之助对战他人的过程中受了伤，被带回了新选组屯所，同时回归新选组。
站在门外，披着厚外套的冲田总司前来看望昏迷不醒的藤堂平助，在远远看到千鹤认真照顾人的模样，他的脑海中回荡的，是他自己陪巩相晶外出出诊的画面。
冷风吹拂过大地，冲田总司拉紧自己身上披着的外套，转身离开的途中，他不断地咳嗽着，手中的方巾留下了宛如血樱一样的红色，天空乌云密布，就和他此时此刻的心情一样沉重。
由于重伤在头部，久久无法治愈清醒的藤堂平助，不知道是谁提出了使用“变若水”这个事，后续，藤堂平助在庆应三年十二月，及油小路之变后一个月，萨长两藩开始认真准备军备，将军队集结至京城，新选组为与之抗衡，进入伏见奉行所备战的一个夜里，清醒了过来。
此时行动，依旧没能拥有冲田总司的身影，冲田总司在暗处看着和千鹤说话的藤堂平助，默默的回到了自己的房间，因为出去没披着外套，回来后，冲田总司开始不断地咳嗽。
现在，巩相晶留下来的药，只有让他咳嗽不在那么难受的用了，冲田总司翻出南云熏当初留下的“变若水”，很是犹豫，但最后还是没有喝下去。
“我还可以坚持，还要等着月姬回来呢！怎么可以变成罗刹，倘若那时候没能认出月姬可怎么办？月姬，我在等着你啊！要早点回来，别忘了回家啊！咳咳咳.....”
-------庆应三年十二月十日-------
又一次外出活动，以前近藤勇外出，大多数都会带着冲田总司随行，然而这一次，在冲田总司病情越加严重的情况下，冲田总司没能跟随，因为此时的他，已经很少从塌塌米中起来过了。
“咳咳咳，月姬.....”
平复了难以控制的咳嗽，拿起手中的“变若水”，认真看了好久，冲田总司最后还是收了起来。
“状态怎么样了？总司。”
房间门被打开，近藤勇看到穿着薄薄浴衣的冲田总司：“不躺着怎么能行？”
“你的身体变得好冷。”
近藤勇碰了下冲田总司的身体，发出感叹的同时。
“我没事的哟！”
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