当时的北京城已经流传“鞑子、流贼到门，我即开城请进”之语。
清军第六次入塞期间，朱由检取出内帑数万，发给守城将士，每人只领二十钱，守城士兵们弹着钱说：“皇帝要性命，令我辈守城。此钱止可买五六烧饼而已！”
在这种情况下，朱由检迫切渴望尽快扭转局势，下令以一万两黄金以及侯爵来悬赏李自成的首级，以五千两黄金、一品大员的官位和锦衣卫指挥使的世职来悬赏张献忠的首级。
当时，明朝可倚仗的兵力只有陕西孙传庭和湖广左良玉麾下的兵力，左良玉虽拥兵二十万，但不仅不能剿灭张献忠，还四处劫掠，并在崇祯十六年（1643年）二月威胁南京，索要军饷，朱由检只能加以安抚，却对他无可奈何。
张献忠趁机于五月攻陷武昌，沉楚王朱华奎于长江，建立大西政权。
李自成也在襄阳自称新顺王，初步建立政权，并且提出“三年免征、一人不杀”的口号，出现了“闯王来时不纳粮”的民谣。
朱由检便将力挽狂澜的希望寄托在明朝最后的劲旅——孙传庭统率的秦兵，任命他为督师，出潼关消灭李自成。
九月，孙传庭进军河南，起初连传捷报，而皇太极的死讯也在此时传入北京，明廷洋溢着国势转危为安、“中兴”指日可待的幻觉。
然而孙传庭先是兵败于汝州，接着战死于潼关。
十月，李自成长驱入关占领西安，进而迅速控制了陕西全境。
朱由检先后派余应桂、李化熙代替孙传庭，但都无兵无饷、一筹莫展。
尽管如此，内阁首辅陈演、吏部尚书李遇知等仍安慰朱由检说“贼入关中，必恋子女玉帛，犹虎入陷阱”
“欲据此为家”
，完全误判了形势。
崇祯十七年（1644年）正月初一日，朱由检到皇极殿接受朝贺之际，发现只有锦衣卫指挥使骆养性在场。
朱由检便下令鸣钟开门，很久都没人来，朱由检准备先祭拜太庙再接受朝贺，又发现马匹没准备好，便依然等着受朝贺，随后文武百官陆续赶来，站朝班时互相乱入，十分狼狈。
同日，北京发生沙尘暴，而雄踞西安的李自成也在这一天建国号大顺，年号永昌，随后挥师东征山西，直捣北京。
在岌岌可危的局面下，迁都南京之议浮上水面。
据说在上年清军第六次入塞时，朱由检就与周延儒商量过南迁，但被皇嫂懿安太后（张皇后）阻止。
崇祯十七年（1644年）正月初三日，左中允李明睿在德政殿接受朱由检召见时，力劝南迁，朱由检亦表赞成。
他希望由重臣来牵头，不过阁臣中无一提议。
正月初九日，兵部收到李自成下的战书，约定三月初十日决战于北京城下。朱由检召见阁臣，流泪说道：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象。祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场，亦所不顾，但死不瞑目。”
内阁首辅陈演、次辅魏藻德等纷纷请求代帝出征，朱由检都不同意，最后同意由山西籍的阁臣李建泰督师。
朱由检于正月十五日行告庙礼
，正月二十六日在正阳门举行隆重的推毂仪式，亲自为李建泰饯行。
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